面面的徐爷

为deepTools的computeMatrix创建gene.bed文件

最爱芦花经雨后，一蓬烟火饭鱼船。

为deepTools的computeMatrix创建gene.bed文件我们在使用deepTools的computeMatrix命令时，常见的使用方法如下： An example usage is: computeMatrix scale-regions -S <biwig file(s)> -R <bed file> -b 1000 此处的--regi...

Posted by Chevy on November 5, 2020

如何借助VPS搭建自己的图床

来如风雨，去似微尘。

前言其实早在去年，七牛云的图床服务就因为需要备案域名就很难用了，那个时候洲更同学还贴过一篇文章如何搭建一个自己图床网站，使用了Chevereto工具在服务器上搭建图床，他用的是dockers来创建了图床。但是我自己因为懒，所以就一直用简书来当作我的图床，毕竟简书存在的时间很有可能大于我的VPS存在的时间。后来没想到风云突变，简书设置也被封禁过一段时间，这就让我不得不开始考虑自己也搞一...

Posted by Chevy on October 17, 2020

我们在武功山赶海

纵使晴明无雨色，入云深处亦沾衣。

记得王小波（当然不是宋朝在四川拉杆子当绿林的那位）在谈论登山的时候，说到有些人总是没由来地往悬崖上爬🕴，不仅导致肌肉酸痛，还要冒摔出脑子的危险，难以谈得上多么明智，况且从热力学的角度来说，这是个反熵的现象，但现实里总是有人会做这种不太明智的事情，包括他自己也反熵的从事了写作📝这一行业。后来我时时想起小波的观点，探索生活的边界的道路就是一个反熵的过程，如果大家都往着自然的方向向下溜，最后准...

Posted by Chevy on October 7, 2020

反正要长大

伤心枕上三更雨，点滴霖霪。点滴霖霪。

深夜视奸了一会微博晚上惯常又去跑步了，师兄告诉我，上海会有大雨，我嘴上说着不在意，心里倒是盼着雨还要大些好呢。回来后洗完澡坐在客厅里，窗外的雨杂着车轮碾过的声音让我放松了很多，可惜又胡乱浪费时间，想起学习时抬头一看已然十二点，打开微博，翻看了近期好友的动态，倍觉大家都很不容易。我太容易自己原谅自己了，不经努力又以何去让别人对你，努力上进的人在哪里都是受人喜欢的吧。不要再浪费青...

Posted by Chevy on June 24, 2020

如何防止VPS被暴力破解

因过竹院逢僧话，偷得浮生半日闲。

如何防止VPS被暴力破解起因半个月没有上VPS，用xshell登陆以后发现一个warning: There were 25005 failed login attempts since the last successful login. Google了一下原来是公网IP扫描到，自己在登录的时候使用的是root密码登录模式，也就被robots疯狂尝试登录了，所以...

Posted by Chevy on April 28, 2020

使用DESeq2分析RNA-seq数据

二月东湖湖上路，官柳嫩，野梅残。

本文依据Analyzing RNA-seq data with DESeq2进行解读后撰写，包含差异分析必备流程及必备知识前言：RNA-seq的基本任务就是检测差异基因，基于我们拥有的多个样本表达矩阵数据，一个重要的问题就是基因表达的定量和在不同条件下表达变化的统计推断。 DEseq2包提供了基于负二项分布构建的线性模型对差异表达进行检测，使用数据的先验分布进行离散程度及倍数变化的...

Posted by Chevy on March 28, 2020

非线性回归分析

多项式回归和样条回归的R实现

前言本次学习旨在为了解决某些复杂散点的拟合问题，尝试找到一种回归模型并进行可视化学习内容提炼自STHDA(http://www.sthda.com/english/) 背景回归分析（或者回归模型）由一系列机器学习方法组成，允许用户可以通过一个或者多个变量x来预测连续结果变量y，简要的来说，回归模型的目的通过建立一个数学方程式，将y定义为变量x的函数，随后，该公式会被用来基于变量...

Posted by Chevy on March 26, 2020

如何揭示HMRs的非经典功能

Genome Biology文章解读：组蛋白调节因子(HMRs)只负责组蛋白修饰相关功能？

ncHMR detector: a computational framework to systematically reveal non- classical functions of histone modification regulators 阅读总结觉得太长不看可以直接跳到研究思路部分前言 HMRs(Histone modification regulators)...

Posted by Chevy on February 27, 2020

如何0基础部署R的shiny app

过者之患，不知而自以为知。

Why we need visualization by web 目前的单细胞实验文章，大家都会习惯把自己的数据做成一个数据库的形式，方便读者进行检索，那么（零基础的）我们该如何做一个网站来展示我们的数据结果呢？例如我知道身边的洲更同学就做了两个工具网站，美观且实用，有兴趣的大家可以点进去一览究竟： BSA RNA-seq Whi...

Posted by Chevy on December 10, 2019

无root权限配置zsh及oh-my-zsh

杜鹃啼月一声声，等闲又是三春尽。

前言近找所里的平台新申请了一个服务器账号，第一步当然是配置一个顺手的shell及安装常用软件了，苦于没有root权限，导致我死在了安装zsh的第一步：yum install zsh zsh的安装洲更的 B站视频已经很明白的介绍了zsh是什么及oh-my-zsh的安装，主题的更换等等搜索得到的解决办法 google是个好东西，这篇文章详细的阐述了如何在没有root权限下搞定...

Posted by Chevy on November 3, 2019

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