Chevy Blog

射,有似乎君子,失诸正鹄,反求诸其身。

R语言解决内存溢出

故国别多日，故人无少年。

问题描述 当我使用R处理数据的时候，遇到大的数据就会容易内存溢出报错，报错信息如下： vector memory exhausted (limit reached?) 问题解决方案1 R语言作为把数据存在内存里面的软件，清除掉不用的对象是一个简单即时可用的办法： rm(large_df, large_list, large_vector, temp_variables) 问题...

Posted by Chevy on April 3, 2022

提取heatmap作图中的cluster行名或者列名

业无高卑志当坚，男儿有求安得闲。

此post旨在提取heatmap作图中的cluster行名或者列名 其实，对heatmap热图提取cluster就是对hclust的结果提取cluster，tree_col和tree_row属性 首先，我们要构建一个matrix或者data.frame进行pheatmap作图 # package library library(pheatmap) library(tidyver...

Posted by Chevy on January 14, 2022

多设备git同一个账号到GitHub的同步问题

离心迸落叶，乡梦入寒流。

最近在编辑bookdown，并且将这本Linux_Shell_Script托管到GitHub pages上。 现在用两个设备本地建立git仓库后同步到同一个GitHub的repo上，更换设备进行编辑的时候，首先会git pull，经常会导致出现冲突 《当GitHub的文件和本地文件不一致的时候，git pull命令会自动merge冲突，再让你手动修改》 我的需求是，以remote...

Posted by Chevy on December 10, 2021

cellranger 6.1.1使用教程

涓涓不塞，将为江河。

cellranger 6.1.1使用教程 本教程更新时间为2021-09-03 涉及Linux和R使用 1. cellranger 6.1.1 下载 cellranger已经预编译好了CentOS/Redhat 6.0+和Ubuntu的二进制文件。 $ curl -o cellranger-6.1.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com...

Posted by Chevy on September 3, 2021

春晖の假期记录

坐看黑云衔猛雨，喷洒前山此独晴。

春晖の假期记录 Day1 Day2 起床以后，有点昏昏沉沉，其实昨晚十二点半就睡啦，睡前还小喝了半瓶啤酒，想到今天还要去实验室，不禁一阵心烦意乱。 中午去实验室吃了一根香蕉🍌，处理了下细胞，然后开始思考如何逃离。 逃离的第一步：就餐补充好能量，这次我选择的是团购套餐——棒！约翰 一个人吃两人套餐真的很顶，下午一点多的时候，整个店里都没人啦，店里的员工们就全员注视我一个干完了一...

Posted by Chevy on August 11, 2021

计算二代测序数据的Insert size和standard deviation

涓涓不塞，将为江河。

Solution 1：Picard的CollectInsertSizeMetrics命令 该工具为验证文库构建提供了有用的指标，包括双端文库的插入大小分布和读取方向。 预期的文库指标数据与建库方法有很大的关联。 CollectInsertSizeMetrics命令输出的结果包括一个histogram和一个dataframe，包括fragment的的统计信息。 使用示例： java ...

Posted by Chevy on August 3, 2021

忘记匿名

远客岂知今再到，老僧能记昔相逢。

Something to talk 感情这个世界，善良的人是不会有好下场的。 越是小说里令人神往心驰的，现实中就越是难以遇到。 当然无敌的状态是你不要把对方看的太重，无欲则刚，只要你不当真就没有人可以伤害你。 但是矛盾的地方在于，不认真的话那又怎么能谈得上是恋爱呢。 这问题无解。

Posted by Chevy on July 13, 2021

复刻一篇文章里面的图片

layout: post title: 复刻一篇文章里面的图片 subtitle: 一息尚存，此志不容少懈。 date: 2021-05-24 author: Chevy header-img: img/42.png catalog: true tags: 技术学习笔记 style: plain — 原文图片 复刻图片 已对敏感信息进行处理： 附上代码 xl_d...

Posted by Chevy Blog on May 24, 2021

R语言对RNA-seq画火山图

谢却海棠飞尽絮，困人天气日初长。

首先安装我们会用到的包并加载 # 安装tidyverse install.packages("tidyverse") install.packages("ggrepel") library(tidyverse) ## -- Attaching packages ----------------------------------------------------------------...

Posted by Chevy on May 14, 2021

R语言读入Excel多个sheet数据

云雨无情难管领，任他别嫁楚襄王。

子标题 readxl::read_excel(): importing multiple worksheets 介绍 readxl包是一个用于读入Excel数据（包括.xls, .xlsx为文件）到R里面的包。 当然除了readxl包以外还有一下这些包可以做到：1）返回sheet的名称；2）读入每个sheet的数据： “XLConnect” “gdata” “xl...

Posted by Chevy on April 26, 2021

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