Chevy Blog

射,有似乎君子,失诸正鹄,反求诸其身。

蛋白质组学数据处理的讨论

R/BIOCONDUCTOR FOR MASS SPECTROMETRY AND PROTEOMICS

背景 对于如何处理蛋白组学的半定量结果目前好像还没有一个特别的定论,本篇post旨在讨论和引用相关对此的讨论。 首先明确本讨论针对的是TMT-MS和DIA-MS两类MassSpec数据的分析,通过公司测序定量以后拿到的数据有点类似RNA-seq的count数据。 方法讨论 Wilcox.test (之前写的comment用的是英文,就不翻译了,就直接贴上来了) Actually...

解剖逻辑生长曲线

不辞山路远,踏雪也相过。

参考文章: ic50-calculator logistic growth curve 我们先画几个图来说明一下 library(tidyverse) theme_set(theme_minimal()) points <- tibble( age = c(38, 45, 52, 61, 80, 74), prop = c(0.146, 0.241, 0.571, 0...

春晖の学习资源整合

秋色从西来,苍然满关中。

引言: 对于看到过的很棒的R语言学习网站,现予以整理,以待后览 Update:2022-11-23 学习网站 数据科学中的 R 语言 四川师范大学研究生公选课《数据科学中的R语言》的课程内容,非常的详尽值得学习。 建模 机器学习 探索性数据分析 Statology网站 有基础的统计概念简介 R语言和Python的机器学习 ...

Shiny中的reactive及reactivevalue

Shiny中的reactive及reactiveValue 数据响应 原文链接 我们使用的server端函数都是自动响应数据变化的函数。但那些都是“动作”类型的函数,如renderPlot进行绘图,renderText输出文本,observe监测ui端变化并响应。如果server端需要一个仅用于存储ui端数据的变量,该怎么做呢?很自然的想法是直接使用赋值语句: 让我们首先来看一段...

R 随笔

纸屏石枕竹方床,手倦抛书午梦长。

1. 三种方法去除data.frame里面的空列 对于去除data.frame里面的空行,对R来说比较简单,na.omit即可。但是去NA或者空列的话,就需要花点脑筋。 0. 构建一个data.frame数据 my_df <- data.frame(X1 = c(1:10), X2 = rep(NA, 10), ...

ggplot2 tricks

博学之,审问之,慎思之,明辨之,笃行之。

ggplot2 tricks 1 How to remove black border around plots/graphics in ggplot2? 针对theme_clean()这个主题我们都会遇到这个问题,画出来的图都会带一个黑框。可以在theme()函数里面进行解决。 library(ggplot2) library(ggthemes) data(mtcars) ggplo...

简单记录boxplot可视化作图

君子不以冥冥堕行。

plot boxplot with significance marker library(tidyverse) library(pheatmap) library(RColorBrewer) library(ggrepel) library(multcompView) library(ggpubr) library(cowplot) fpkm <- readxl::read_xls...

栅栏内外天与地(转载)

覆舟水是苍生泪,不到横流君不知。

作者:陆鱼 链接:https://www.zhihu.com/question/531940348/answer/2480275924 来源:知乎 著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。 我称这种现象为财政供养困局。 例如我县实际常住人口九十万人,拥有五家A股上市企业,另有三十几家制造业上市企业在我县开立了分公司,规模以上制造业企业四百多家,三个省级工业园区...

配置iTerm2+oh-my-zsh

今夜偏知春气暖,虫声新透绿窗纱。

前言 得空把手上笔记本的iTerm2和zsh配置了一下,记录一下以备后续使用。 本教程学习自: mac之 iTerm2 + Oh My Zsh 终端安装教程 iTerm2 配置和美化 - 少数派 一、iTerm2配置 1. 首先,下载iTerm2来替换默认终端。 iTerm2 2. 调整Status Bar 将 iTerm2 自带 theme 修改为 Minimal ...

R语言解决内存溢出

故国别多日,故人无少年。

问题描述 当我使用R处理数据的时候,遇到大的数据就会容易内存溢出报错,报错信息如下: vector memory exhausted (limit reached?) 问题解决方案1 R语言作为把数据存在内存里面的软件,清除掉不用的对象是一个简单即时可用的办法: rm(large_df, large_list, large_vector, temp_variables) 问题...