面面的徐爷

使用DESeq2分析RNA-seq数据

二月东湖湖上路，官柳嫩，野梅残。

本文依据Analyzing RNA-seq data with DESeq2进行解读后撰写，包含差异分析必备流程及必备知识前言：RNA-seq的基本任务就是检测差异基因，基于我们拥有的多个样本表达矩阵数据，一个重要的问题就是基因表达的定量和在不同条件下表达变化的统计推断。 DEseq2包提供了基于负二项分布构建的线性模型对差异表达进行检测，使用数据的先验分布进行离散程度及倍数变化的...

Posted by Chevy on March 28, 2020

非线性回归分析

多项式回归和样条回归的R实现

前言本次学习旨在为了解决某些复杂散点的拟合问题，尝试找到一种回归模型并进行可视化学习内容提炼自STHDA(http://www.sthda.com/english/) 背景回归分析（或者回归模型）由一系列机器学习方法组成，允许用户可以通过一个或者多个变量x来预测连续结果变量y，简要的来说，回归模型的目的通过建立一个数学方程式，将y定义为变量x的函数，随后，该公式会被用来基于变量...

Posted by Chevy on March 26, 2020

如何揭示HMRs的非经典功能

Genome Biology文章解读：组蛋白调节因子(HMRs)只负责组蛋白修饰相关功能？

ncHMR detector: a computational framework to systematically reveal non- classical functions of histone modification regulators 阅读总结觉得太长不看可以直接跳到研究思路部分前言 HMRs(Histone modification regulators)...

Posted by Chevy on February 27, 2020

如何0基础部署R的shiny app

过者之患，不知而自以为知。

Why we need visualization by web 目前的单细胞实验文章，大家都会习惯把自己的数据做成一个数据库的形式，方便读者进行检索，那么（零基础的）我们该如何做一个网站来展示我们的数据结果呢？例如我知道身边的洲更同学就做了两个工具网站，美观且实用，有兴趣的大家可以点进去一览究竟： BSA RNA-seq Whi...

Posted by Chevy on December 10, 2019

无root权限配置zsh及oh-my-zsh

杜鹃啼月一声声，等闲又是三春尽。

前言近找所里的平台新申请了一个服务器账号，第一步当然是配置一个顺手的shell及安装常用软件了，苦于没有root权限，导致我死在了安装zsh的第一步：yum install zsh zsh的安装洲更的 B站视频已经很明白的介绍了zsh是什么及oh-my-zsh的安装，主题的更换等等搜索得到的解决办法 google是个好东西，这篇文章详细的阐述了如何在没有root权限下搞定...

Posted by Chevy on November 3, 2019

PCA and t-SNE

Surfing higher dimensions!

Hi there! This post is an experiment combining the result of t-SNE with two well known clustering techniques: k-means and hierarchical. This will be the practical section, in R. But also, this p...

Posted by Chevy on September 23, 2019

scRNA-seq data analysis using Monocle3 combined with Seurat3

single cell and single learning

scRNA-seq data analysis using Monocle3 combined with Seurat3 徐春晖 2019-09-17 基本步骤 [TOC] Tips: 从Seurat3 pbmc构建数据到Monocle3 #Extract count data, phenotype data, and feature data from the Seur...

Posted by Chevy on September 17, 2019

DELL XPS 15(9560) CPU降频处理记录

阶下青苔与红树，雨中寥落月中愁。

事件起因我对电脑的使用的需求就是合上带走，打开操作，所以经常直接合上电脑放在电脑包里带回宿舍，有天从电脑包里拿出电脑的时候发现电脑显著变慢，打开任务管理器时发现CPU的频率被限制在0.79GHz，而我的CPU型号是i5-7300HQ的描述为： Intel第七代KabyLake架构，BGA封装，四核四线程，支持Intel睿频加速技术，主频2.5GHz，L3缓存6MB。14nm制程，...

Posted by Chevy on September 16, 2019

Immobilized Template Assay Record

初春令月，气淑风和。

Immobilized Template Assay Record Introduction 在研究基因调控时，经常会需用到功能性实验去探究特定的启动子或者增强之结合蛋白的生物学功能，例如常见的GST pulldown实验，这时在体外重现转录进程是异常有用的，这里我们对Immobilized Template Assay(以下简称ITA)进行介绍。 Keywords In vitro...

Posted by Chevy on April 1, 2019

半年过去了

笑着跳进人海里

人可能驯化爱情吗？ 7月和8月的驯化，我终于明白我不再是一个坦坦荡荡而又活得明明白白的人了，早该领悟的道理在我困厄交加的时期里经由实践不断地来回翻腾，我不敢再说自己是一个孩子了，我也不该是一个孩子了。 L说我喜欢“捕风捉影”式的情感状态，我不能否认，同时也无法说清楚我自己想要抵达的最终情感状态是什么，我不善于对任何一个人和盘托出，可我为什么要去伤害别人呢，可真难过，我试过那种浑浑噩噩生不...

Posted by Chevy on March 4, 2019

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