Chevy Blog

射,有似乎君子,失诸正鹄,反求诸其身。

How to calculate correlation R2 and slope

不采百花，难酿好蜜。

Using rstatix do quick calculation library(tidyverse) library(rstatix) iris %>% group_by(Species) %>% cor_test(Sepal.Width, Sepal.Length, method = "pearson") ## # A tibble: 3 × 9 ## ...

Posted by Chevy on January 26, 2024

Posting Rmarkdowns to your Jekyll website

蟠木不雕饰，且将斤斧疏。

前言 最近习惯使用rmarkdown来写东西，主要好处是能够兼容图片，还可以一键推送到RPubs。 但是rmakrdown写完以后，遇到一个问题，以往使用markdown写的记录，可以很方便的转到Jekyll里面的post生成blog用于记录和分享，rmakrdown是不兼容的，但是保留脚本生成的图片其实还是我的刚需，所以就Jekyll和rmarkdown的联通做了一些搜索，予以记...

Posted by Chevy on January 24, 2024

Install Rstudio Server introduction

君子欲讷于言而敏于行。

本文由 简悦 SimpRead 转码， 原文地址 claudiu.psychlab.eu Tutorials from Claudiu’s blog Install R (r-base) 1. Install helper software software-properties-common and dirmngr software-properties-c...

Posted by Chevy on January 22, 2024

Rstatix calculate correlation R2 and slope

君子欲讷于言而敏于行。

测试在R里面，使用tidyverse搭配rstatix更简便的做计算，例如t.test()/cor() library(tidyverse) library(rstatix) iris %>% group_by(Species) %>% cor_test(Sepal.Width, Sepal.Length, method = "pearson") bdims_sum...

Posted by Chevy on November 28, 2023

SPR数据的建模及作图

转载学习来源

本文由 简悦 SimpRead 转码， 原文地址 stackoverflow.com I am trying to fit association-dissociation SPR kinetics data for a protein and small molecule for two concentrations using ggplot2. The data is here...

Posted by Chevy on November 2, 2023

Subcellular Location Database tidy

读书不下苦功，妄想显荣，岂有此理？

本文讨论对于不规则数据的简单处理 数据来源：https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=%28keyword%3AKW-9998%29&facets=model_organism%3A9606 library(tidyverse) # read in raw data ---------------------------------...

Posted by Chevy on October 23, 2023

R语言igraph学习路径

远客岂知今再到，老僧能记昔相逢。

本文讨论igraph的使用 准备工作 首先我们需要使用igraph是因为在protein-protein-interaction或者disease-gene中networking visualization是很重要的，而igraph就是一个很好的用来展示的方法 Protein-protein-interaction或者disease-gene的相互关系来自DisGeNET da...

Posted by Chevy on March 1, 2023

Installing SAMtools on Ubuntu

行前定，则不疚。道前定，则不穷。

背景 心血来潮现在本地的工作上跑跑RNA-seq分析流程，在配置samtools的时候使用conda配置后出现了报错： samtools: symbol lookup error: /lib/x86_64-linux-gnu/libp11-kit.so.0: undefined symbol: ffi_type_pointer, version LIBFFI_BASE_7.0 可惜的...

Posted by Chevy on February 10, 2023

singscore包计算signature脚本示例

飒飒东风细雨来，芙蓉塘外有轻雷。

背景 Attached please find the singscore script I just write with annotation; it may help if you want to continue with it. SummarizedExperiment is an object which need to know before you use sing...

Posted by Chevy on February 6, 2023

蛋白质组学数据处理的讨论

R/BIOCONDUCTOR FOR MASS SPECTROMETRY AND PROTEOMICS

补充 这篇文献介绍的非常具体： Embrace R to Boost Your Proteomic Analysis 背景 对于如何处理蛋白组学的半定量结果目前好像还没有一个特别的定论，本篇post旨在讨论和引用相关对此的讨论。 首先明确本讨论针对的是TMT-MS和DIA-MS两类MassSpec数据的分析，通过公司测序定量以后拿到的数据有点类似RNA-seq的count数据。 ...

Posted by Chevy on January 18, 2023

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