面面的徐爷

Subcellular Location Database tidy

读书不下苦功，妄想显荣，岂有此理？

本文讨论对于不规则数据的简单处理数据来源：https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=%28keyword%3AKW-9998%29&facets=model_organism%3A9606 library(tidyverse) # read in raw data ---------------------------------...

Posted by Chevy on October 23, 2023

R语言igraph学习路径

远客岂知今再到，老僧能记昔相逢。

本文讨论igraph的使用准备工作首先我们需要使用igraph是因为在protein-protein-interaction或者disease-gene中networking visualization是很重要的，而igraph就是一个很好的用来展示的方法 Protein-protein-interaction或者disease-gene的相互关系来自DisGeNET da...

Posted by Chevy on March 1, 2023

Installing SAMtools on Ubuntu

行前定，则不疚。道前定，则不穷。

背景心血来潮现在本地的工作上跑跑RNA-seq分析流程，在配置samtools的时候使用conda配置后出现了报错： samtools: symbol lookup error: /lib/x86_64-linux-gnu/libp11-kit.so.0: undefined symbol: ffi_type_pointer, version LIBFFI_BASE_7.0 可惜的...

Posted by Chevy on February 10, 2023

singscore包计算signature脚本示例

飒飒东风细雨来，芙蓉塘外有轻雷。

背景 Attached please find the singscore script I just write with annotation; it may help if you want to continue with it. SummarizedExperiment is an object which need to know before you use sing...

Posted by Chevy on February 6, 2023

蛋白质组学数据处理的讨论

R/BIOCONDUCTOR FOR MASS SPECTROMETRY AND PROTEOMICS

补充这篇文献介绍的非常具体： Embrace R to Boost Your Proteomic Analysis 背景对于如何处理蛋白组学的半定量结果目前好像还没有一个特别的定论，本篇post旨在讨论和引用相关对此的讨论。首先明确本讨论针对的是TMT-MS和DIA-MS两类MassSpec数据的分析，通过公司测序定量以后拿到的数据有点类似RNA-seq的count数据。 ...

Posted by Chevy on January 18, 2023

解剖逻辑生长曲线

不辞山路远，踏雪也相过。

参考文章: ic50-calculator logistic growth curve 我们先画几个图来说明一下 library(tidyverse) theme_set(theme_minimal()) points <- tibble( age = c(38, 45, 52, 61, 80, 74), prop = c(0.146, 0.241, 0.571, 0...

Posted by Chevy on December 5, 2022

Shiny中的reactive及reactivevalue

Shiny中的reactive及reactiveValue 数据响应原文链接我们使用的server端函数都是自动响应数据变化的函数。但那些都是“动作”类型的函数，如renderPlot进行绘图，renderText输出文本，observe监测ui端变化并响应。如果server端需要一个仅用于存储ui端数据的变量，该怎么做呢？很自然的想法是直接使用赋值语句：让我们首先来看一段...

Posted by Chevy Blog on October 4, 2022

R 随笔

纸屏石枕竹方床，手倦抛书午梦长。

1. 三种方法去除data.frame里面的空列对于去除data.frame里面的空行，对R来说比较简单，na.omit即可。但是去NA或者空列的话，就需要花点脑筋。 0. 构建一个data.frame数据 my_df <- data.frame(X1 = c(1:10), X2 = rep(NA, 10), ...

Posted by Chevy on August 29, 2022

ggplot2 tricks

博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。

ggplot2 tricks 1 How to remove black border around plots/graphics in ggplot2? 针对theme_clean()这个主题我们都会遇到这个问题，画出来的图都会带一个黑框。可以在theme()函数里面进行解决。 library(ggplot2) library(ggthemes) data(mtcars) ggplo...

Posted by Chevy on July 29, 2022

简单记录boxplot可视化作图

君子不以冥冥堕行。

plot boxplot with significance marker library(tidyverse) library(pheatmap) library(RColorBrewer) library(ggrepel) library(multcompView) library(ggpubr) library(cowplot) fpkm <- readxl::read_xls...

Posted by Chevy on May 22, 2022

Chevy Blog